Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) lebt Mitte des 21. Jahrhunderts in einer scheinbar utopischen Wohneinheit, die in Wirklichkeit ein Gefängnis ist. Wie alle Bewohner dieser vollständig überwachten Welt hofft Lincoln, irgendwann auf "Die Insel" reisen zu dürfen - angeblich die letzte Oase auf der Erde, wo die Umwelt noch intakt ist. Doch bald entdeckt Lincoln, dass sein gesamtes Leben eine einzige Lüge ist. In Wahrheit sind er und alle anderen Bewohner der Anlage menschliche Klone, die nur dazu dienen, "Ersatzteile" für ihre menschlichen Originale zu liefern. Lincoln muss also damit rechnen, dass demnächst auch seine "Erntezeit" anbricht.

Deshalb wagt er mit seiner schönene Mitbewohnerin Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) die Flucht. Sofort nehmen die Schergen des unheimlichen Instituts, dem sie gerade entkommen sind, die Verfolgung auf. Lincoln und Jordan setzen ihr Leben aufs Spiel, um ihren Schöpfern von Angesicht zu Angesicht gegenüberzutreten.