Allen Walker, jeune exorciste marqué d’une croix divine à la main gauche, part en croisade contre le Comte millénaire, “faiseur” d’akuma et partisan de la fin du monde. Pour cela, il décide de rejoindre la Congrégation de l'ombre, une organisation d'exorcistes chargée de traquer les akuma. Seulement, cette congrégation est à l'écart de tout et les exorcistes sont loin d'être les plus accueillants qui soient…